Дело пахнет переустановкой...
1. Со связыванием Share Point и Project Server'a всегда возникали проблемы. Иногда делаешь одни и те же шаги несколько раз, но получается только с десятого :)
От себя могу сказать следующее: если включена опция автоматического входа на Share Point с теукщей учетной записью, то ссылка (на документы) работать не будет. Для этого нужно в браузере эту опцию отключить (это относится к настройкам уровня безопасности: Prompt for user name and password). Если же дело не в этом... Может, найдется решение в отдельном форуме про Share Point.
2. Самое лучшее решение - синхронизировать версии! :)
Просто локальные файлы, сохраненные в 2003м, 2002й не распознает. потому и сервер вообще-то их распознавать не должен. так что всё просто: либо сохранять в 2002м, либо опубликовывать в 2003м!